ウインドウのフォーカスと切り替え時のちらつき

compiz の「一般オプション」 -> 「フォーカスとその関連動作」 -> 「フォーカス防止奪取レベル」 をオフにするか、
その下にあるウィンドウマッチングの方で効果の対象外とするウィンドウを指定してみるとどうでしょう？

Compiz有効時のフォーカスの不具合に関して

gvim やターミナルで入力中に Firefox にウインドウ切り替えすると、gvim やターミナルに戻ったときにフォーカスが外れて入力できなくなって、ウインドウタイトルをマウスでクリックしないといけなかったりとかなり面倒くさいことになっていた。
「フォーカス帽子ダッシュレベル」をオフにしたら直った(ようだ)。
ついでに、ウインドウ切り替え時のチラつき(一度選択したウインドウが裏に行ってから前に戻ってくる感じ)も気になっていたけど「不動型アプリケーション・スイッチャー」にある「選択ウインドウの強調表示」を「なし」にしたら直った。