color-scheme に dark を指定してる場合は iframe 内の html にも指定しないと透過されないという知見を得た。
cVim の更新が止まったので fork して manifest v3 対応して、趣味でゴリゴリいじってる。楽しい。cVim がないと仕事も趣味も何もできない (効率が著しく悪化する) ので、代替となるイイ感じの拡張が出てくるようなことがない限りは死ぬまで弄り続けることになるんじゃないかと思う (たぶん、はずれる)。
cVim はページを読み込んだ際に iframe を差し込み、拡張用の cmdline_frame.html を読み込む。 ページ上で : を押下すると iframe が表示されて vim のコマンドライン領域相当として表示される。これがダークモードを設定したサイトの場合に cmdline_frame.html が透過されず全体が真っ白に表示されていた。
サイトの color-scheme に dark が設定されている場合は cmdline_frame.html にも color-scheme:dark を指定するように修正した。